Après une maîtrise d'ethnologie, Jean-Louis Bauer est professeur à Paris I Sorbonne. A partir de 1973, diplômé de l'Ecole nationale supérieure des arts et techniques du théâtre (ENSATT-rue Blanche), il intervient comme comédien et conteur dans les écoles maternelles et les crèches, anime des ateliers pour le Groupe d'encouragement du spectacle (GES) et pour la Maison du geste et de l'image. Puis il se consacre à l'écriture dramatique tout en enseignant à l'Ecole de la rue Blanche, au Sweet Briar college, et au Conservatoire de la Ville de Paris.

Sa carrière d'auteur débute dans les années 70 : il a vingt ans et rencontre Roger Blin qui devient pour lui une sorte de père spirituel : « Ca m'a donné de la confiance pour des années ». Roger Blin le révèle au public en 1975 en créant M'appelle Isabelle Langrenier au Théâtre de l'Est Parisien. Depuis, Jean-Louis Bauer est l'auteur d'une quarantaine de pièces qui empruntent presque tous les genres : drames, farces, dialogues psychanalytiques, comédies psychologiques, poèmes épiques... dans une écriture qui aime jouer à la frontière du réalisme et du fantastique. La plupart de ses textes ont été représentés, notamment dans de grands théâtres parisiens (Petit Odéon, Théâtre de la Main d'Or, Comédie de Paris, Théâtre de l'Atelier et Théâtre de l'Est Parisien) dans des mises en scène de : Jean-Luc Boutté Edith Détresses (1976) ; Alain Mollot Macadam Quichotte (1985) ; Yves Gasc L'Homme assis (1990) ; Geneviève Rosset Puzzle (1989) ; Gérard Audax et Geneviève Casile Pourquoi Aujourd'hui ? (1992) ; Nadine Varoutsikos, Antoine Campo, Sabine Stépanoff et bien d'autres... « Ce sont ces rencontres qui pendant longtemps ont alimenté mon envie d'écrire. Ecrire le nom de ces personnes, c'est raconter comment j'écris. » Il y a aussi l'influence des lectures et relectures de Feydeau, Pirandello, Strindberg, ou de Nathalie Sarraute.
En 1994, il est lauréat du prix CIC Paris Théâtre pour Page 27 créée en 1996 par Pierre Santini.
En 1997, il est choisi par les ATP pour La Novice et la vertu créée en janvier 98 par Antoine Campo. Il reçoit également le Prix Nouveau Talent Théâtre de la SACD.
Jean-Louis Bauer a été accueilli à deux reprises comme auteur résident au Centre national des écritures du spectacle-La Chartreuse : en 1989, il participe à la résidence d'écriture francophone et écrit Gérard Gibraltar ; en 1993, il travaille au livret de Ugui sur une musique de Piotr Moss à l'occasion de la résidence sur le mélodrame. La collaboration avec Piotr Moss se poursuit avec Gédéon en 1996, De l'amour en 1998, Les Ailes de Jean-Pierre et Karla.
Pour France Culture et l'émission Le Pince Oreille, Jean-Louis Bauer écrit en collaboration avec Bernadette Le Saché, six dramatiques pour enfants éditées par Radio France en CD et publiées par Le Mot de passe. Il est également l'auteur d'adaptations : Le Jeu de Hotsmack, Henri VI, Fracasse, et L'Ile Prospero.
« J'ai commencé à écrire par dépit parce que personne ne voulait m'engager comme comédien, et parce que je m'imaginais que si je devenais écrivain, je serais un être séduisant.
Hélas, je n'avais aucune formation littéraire, mais comme la psychanalyse était dans le vent, je m'arrangeais avec moi-même et faute d'être capable d'écrire de la littérature, je me lançais dans la « lis tes ratures ». Et dans ce puits sans fond qu'est la langue française, je plongeais de l'autre côté du miroir. Et là, je rencontrais par miracle Winnie Scott qui me fit graver sur mon corps cette maxime : « L'écriture est une éponge placée en équilibre entre la folie et la raison et qui s'abreuve aux deux côtés ». Si je crois en quelque chose, si je vise un style, ça serait un théâtre de l'absurde où l'absurde naîtrait non seulement des effets de style mais de l'absurde des situations combiné à une logique de déploiement de l'action. Pourquoi ? Parce que j'ai l'impression que l'Histoire est incohérente, que le monde est horrible. Mais qu'à posteriori tout semble s'expliquer. » Après un petit détour où il s'essaye à jouer ses textes  Dix jours ensemble, La Fessée, il se contentera pour l'instant d'être un miroir du monde. A l'heure où l'on ne comprend plus grand-chose à ce qui se passe, où l'on reçoit le monde de manière souvent parcellaire, il se propose de trouver le dispositif théâtral qui permet de l'appréhender en lui donnant du sens. Ému par les spectacles de Robert Lepage, il décide de porter toute son attention à la narration et aux personnages. Une vie de château  (édité chez Fayard), Le prince de Clèves  s'emparent de la vie politique et des ses personnages,  Le roman d'un trader (mis en scène par Daniel Benoin et édité chez Actes Sud Papiers) s'inspire directement de Kerviel et la société Générale,  La Grande Nouvelle  co-écrit avec Philippe Adrien, avec qui il se plait à tisser des liens, s'inspire de la pièce de Molière pour faire un portrait des classes moyennes. De même L'@vare raconte la difficulté et l'inquiétude de ceux qui ont peur de sombrer et aimeraient bien que leurs enfants montent dans l'échelle sociale... A suivre, L'Affaire, Adoss écrites avec Philippe Adrien, et Bug !, que Philippe Adrien met en scène à l'automne 2012. Parallèlement il continue de travailler pour le compositeur Piotr Moss et le marionnettiste Michel Rosenmann, qu'il a tous deux rencontrés à la Chartreuse.

•  adaptations : L'Ile Prospero (1995) ; Capitaine Fracasse (1993) ; Henry 6 (1990) ; La Passeratelle (1988) 

•  livrets : Le Petit Singe bleu (1999) ; Il monstra (1999) ; Le Cirque de Giuseppe (1997) ; Gédéon (1996) ; Ugui (1992) 

•  radio : Villes d'eau (2000) ; Rue de la grande chaumière (1997) 

•  scénario : Tu ne marcheras jamais seul (2000) 

•  théâtre : Bug ! (2012) ; L'Affaire (2012) ; Adoss (2011) ; La Grande Nouvelle (2010) ; Le prince de Clèves (2009) ; Le roman d'un trader (2008 - 2009) ; Une vie de château (2008) ; Dix jours ensemble (2006) ; Les Bienvenus (2001) ; Rien ne sera plus jamais comme avant (2001) ; De L'amour (2001) ; Cirkopéra (2000 - 2001) ; Petit Coq et Le Maïs bleu (1999) ; La Mémoire de l'eau (1997) ; La Novice et la vertu (1997) ; Interdit au moins de 16 ans (1996) ; Quel farceur, mon neveu : L'Ascenseur (1995) ; Quel farceur mon neveu : La Chambre à coucher (1995) ; Quel farceur mon neveu : Le Garde-manger (1995) ; Quel farceur mon neveu : La Salle de bains (1995) ; Quel farceur mon neveu : La Cuisine (1995) ; Quel Farceur mon neveu : Le Salon (1995) ; La Vie continue (1994) ; La Mise au monstre d'un nouveau monde (1994) ; Page 27 (1994) ; Pourquoi aujourd'hui ? (1993) ; Jules et Lise (1992) ; Mazel Tov (1992) ; L'Homme assis (1990) ; Tabac (1990) ; Puzzle (1989) ; Gérard Gibraltar (1989) ; L'Amour en godasses (1988) ; La Diva d'Auschwitz (1988) ; Le Jour où tu t'en vas (1987) ; L'Amour, les murs (1986) ; Macadam Quichotte (1985) ; Costume Raccord (1985) ; Le Secret de Télémax (1984) ; La Dynastie des malpropres (1981) ; Jeanne et la voie lactée (1981) ; Mythes et Termites de Jeanne Poimaure (1977) ; Le Minotaure, veau des villes en trois chants (1977) ; Edith Détresses (1976) ; Le Diable, Isabelle et le paysan ou Comment gruger le Crédit Agricole (1976) ; M'appelle Isabelle Langrenier (1975) ; Jenifer ; Une Journée d'enfer.

• A joué avec : Marthe Lemore dans Pipo
• A. Demonico Le Balai du cyclope
• A. Michel Les aviateurs du soir et Messieurs les jurés
• S. Moati Le Pain noir
• P. Lefèvre Médecin de nuit
• G. Bouyer La Lettre de R.-M Rilke
• S. Seide Troilus et Cressida de W. Shakespeare
• D.Benoin Le Champion de la faim de F. Kafka
• N. André Le Trio de Mrozeck, Jeanne et la voie lactée
• F. Lavaud Ya t-il un auteur dans la salle? de J.-L Bauer
• Dix jours ensemble de J.-L Bauer